Aunque desde mucho antes existió el Plus Ultra, que hacía las veces de filial blanco, fue en 1972 cuando se estableció el filial del Real Madrid con su nombre actual.
En sus 48 años de historia, además de formar a innumerables talentos que han nutrido tanto al primer equipo como a infinidad de otros clubes, también ha habido logros a nivel colectivo.
En la temporada 79-80 consiguió la proeza de clasificarse para la final de la Copa del Rey, que perdió precisamente ante el Real Madrid.
El Castilla recibió el premio de jugar la Recopa al año siguiente, aunque el West Ham inglés les eliminó a las primeras de cambio.
En la temporada 83-84 se convirtió en el primer filial en proclamarse campeón de Segunda División. Habría jugado en Primera de no ser porque no lo permite la legislación en España.